La collaboration entre partenaires se matérialise par le biais de réunions communes, soit au niveau du Programme opérationnel via le , soit au niveau des sous-programmes via les .
D’autre part, la mise en œuvre du Programme est assurée par une unique pour l’ensemble des partenaires et d’un agissant sous l’autorité des partenaires du Programme. Sur chaque versant, un se charge de la coordination du programme pour son territoire. Il est en relation directe avec du programme.
Le dispositif est complété par une , unique elle aussi, chargée d’assurer la gestion et le versement des fonds européens aux opérateurs.
Enfin, une , constituée de six antennes, s’occupe de l’animation du Programme sur le terrain.